Warunkiem symbiozy jest obecność bakterii Bradyrhizobium japonicum, które w naturalnych warunkach w naszych glebach nie występują i dlatego nasiona soi trzeba szczepić preparatem bakteryjnym. Nie powinno rezygnować się ze szczepienia nasion, nawet gdy soja wcześniej była uprawiana na tym samym stanowisku i można liczyć na pewną obecność bakterii. Wg doniesień naukowców w naszych warunkach obecne w glebie szczepy są najczęściej słabo wirulentne lub nieefektywne. Brodawki korzeniowe wytworzone z ich udziałem wiążą azot w ilościach znacznie niższych, niż potrzeba soi do prawidłowego rozwoju. Wysiew nasion niezaszczepionych to nawet ok. 20 proc. straty w plonie.
Stosowanie materiału siewnego dobrej jakości i zaszczepionego odpowiednim preparatem pozwala na liczne brodawkowanie i tym samym lepsze zaopatrywanie się roślin w azot. Dla soi dostępne są na rynku szczepionki np.: HiStick, Nitragina, Nitroflora.
Przy samodzielnym szczepieniu nasion w gospodarstwie do zabiegu można wykorzystać betoniarkę lub zaprawiarkę (uprzednio dokładnie oczyszczoną) i wymieszać przygotowaną szczepionkę z nasionami. Przyklejanie się szczepionki do nasion można zwiększyć poprzez dodanie do wody cukru, w ilości 10 dkg/l wody (1 kg/10 l).
Zabieg szczepienia, należy przeprowadzać w miejscu zacienionym, nie w pełnym słońcu, ponieważ pod wpływem promieni słonecznych bakterie giną. Szczepienie nasion powinno przeprowadzać się do 2 dni przed zaplanowanym siewem i nie należy tego zabiegu łączyć z fungicydem.
Kiedy nasiona soi są zaszczepione, temperatura gleby na głębokości 2-4 cm ogrzeje się do 8°C można przystąpić do siewu. Jeśli nasiona nie zostaną wysiane w ciągu 24 godzin po zabiegu, należy zaszczepić je ponownie.
W tym przypadku warto zadbać o jak najlepszą jakość materiału siewnego. Rozwiązaniem może być zastosowanie separatorów aerodynamicznych ASM i wykorzystanie ich do przygotowania materiału siewnego. Przy podziale surowca na frakcję uzyskujemy wówczas wysokie wyrównanie ziarna oraz lepsze parametry zarówno w zakresie siły, jak i energii kiełkowania. Dzięki temu poprawiamy jakość materiału siewnego, co przekłada się na wyższą odporność zasiewów oraz lepsze plony.