Wydawać by się mogło, że na etapie zbioru nie można już niczego zepsuć. Nic bardziej mylnego, gdyż sporo błędów rolnicy popełniają na końcu. Przede wszystkim przystępują do żniw, gdy ziarna mają zbyt niską wilgotność, co skutkuje stratami plonu, niższym wyrównaniem oraz kruszeniem i łuszczeniem ziarna. Tymczasem jęczmień browarny może być zbierany przy wilgotności 17 proc., wtedy nie występują straty z powodu ubytku suchej masy. Nasiona można łatwo dosuszyć do właściwego poziomu (wilgotność 14 proc.) ciepłym powietrzem nieprzekraczającym 36°C. Nasiona mają wtedy lepsze wyrównanie. Problemem przy niewłaściwym zbiorze (zbyt suche ziarno) może być nadmierne obłuszczenie ziaren. Gdy jest ono wyższe niż 2 proc., nasiona zostają zdyskwalifikowane i dalej są sprzedawane jako paszowe. Pomieszczenia magazynowe muszą być czyste i zdezynfekowane, rozwój szkodników magazynowych może doprowadzić do obniżenia żywotności. Koniecznie należy pamiętać, aby po zbiorze nie pomieszać nasion z różnych odmian, gdyż każda z nich ma inne parametry i pomieszane nie nadają się do dalszego przerobu.
Pomocne w takich sytuacjach może być wykorzystanie separatora aerodynamicznego ASM. Można go wykorzystać zarówno bezpośrednio w trakcie żniw do czyszczenia wstępnego, aby już na tym etapie usunąć zanieczyszczenia oraz ziarna uszkodzone. W późniejszym terminie można dodatkowo doczyścić ziarno lub podzielić je na frakcje w zależności od docelowego przeznaczenia.